arcanis/moldyn
1
0
Fork 0
mirror of https://github.com/arcan1s/moldyn.git synced 2025-06-28 23:01:43 +00:00
Code Issues Projects Releases Wiki Activity
Files
6b0a2a47dbb4690128a8e969eaf865f5913dcf84
moldyn/mathmech/docs/rus/help_trj.html
arcan1s 6b0a2a47db Release 1.1.0 
+ added help window
+ added help docs
+ small bug fixes
2013-09-03 06:01:23 +04:00

29 lines
9.0 KiB
HTML
Raw Blame History

This file contains ambiguous Unicode characters

This file contains Unicode characters that might be confused with other characters. If you think that this is intentional, you can safely ignore this warning. Use the Escape button to reveal them.

<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd">
<html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css">
p, li { white-space: pre-wrap; }
</style></head><body style=" font-family:'Liberation Serif'; font-size:10pt; font-weight:400; font-style:normal;">
<p align="center" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><span style=" font-weight:600;">trj</span></p>
<p align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><br />Программа для генерации специальных траекторных файлов из указанных исходных.</p>
<p align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><br /> <span style=" text-decoration: underline;">Использование</span><br />mm_trj -i ФАЙЛ -t ТИП -s ЧИСЛО -a ФАЙЛ -o МАСКА [ -tt ЧИСЛО ] [ -l ФАЙЛ ] [ -q ] [ -h ]<br /> <span style=" text-decoration: underline;">Параметры</span><br />-i ФАЙЛ – исходный траекторный файл<br />-t ТИП – тип траектории. Поддерживаемые форматы: gmx, puma<br />-s ЧИСЛО – число шагов траектории<br />-a ФАЙЛ – файл с указанием типов атомов<br />-o МАСКА – маска получаемых траекторных файлов<br />-tt ЧИСЛО – максимальное число различных типов атомов. По умолчанию 1024<br />-l ФАЙЛ – запись лога в указанный файл<br />-q – не выводить сообщения в STDOUT<br />-h – показать эту справку и выйти</p>
<p align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><br /> <span style=" text-decoration: underline;">Форматы файлов</span></p>
<p align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"> <span style=" font-style:italic;">Файлы траектории (*.[0-9])</span></p>
<ul style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; -qt-list-indent: 1;"><li align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">В заголовке указывается число атомов (7 символов).</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Снимок траектории (перечисление всех атомов). Формат<br />00001 СА 1234.000000 1234.000000 1234.000000 01 0001<br />Порядковый номер атома (5 символов), пробел, символьный тип атома (2 символа), 2 пробела, координата X (11 символов, 6 десятичной части), координата Y (11 символов, 6 десятичной части), координата Z (11 символов, 6 десятичной части), 4 пробела, численный тип атома (2 символа), пробел, номер молекулы (4 символа).</li></ul>
<p align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"> <span style=" font-style:italic;">Файл с указанием типов атомов (*.types)</span></p>
<ul style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; -qt-list-indent: 1;"><li align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">В заголовке указывается число молекул (NUMTYPES=1).</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Блок перечисления молекул. Переменные число молекул (NUMMOL=1), число атомов (NUMAT=1).<br />Блок перечисления атомов в молекуле. Формат<br />CA=1<br />Символьный тип атома (2 символа), символ равенства, численный тип атома.</li></ul>
<p align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><br /> <span style=" text-decoration: underline;">Работа приложения</span></p>
<ol style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; -qt-list-indent: 1;"><li align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Чтение заголовков исходных файлов, установка начальных переменных.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Пошаговое чтение исходных файлов и вывод шагов в указанные файлы.</li></ol>
<p align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><br /> <span style=" text-decoration: underline;">Работа с графическим интерфейсом</span></p>
<ol style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; -qt-list-indent: 1;"><li align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Выбрать Меню -&gt; Создание файлов -&gt; Файл типов атомов.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Указать генерируемый файл.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Заполнить типы атомов. Для добавления новой молекулы выбрать из выпадающего списка &quot;Добавить новую молекулу&quot;. Для изменения числа молекул изменить соответствующее числовое значение. Для добавления нового атома необходимо ввести 2 символа в специальное поле, указать численный тип атома и нажать &quot;Добавить&quot; – после этого атом появится в специальном окошке. Для удаления атома необходимо выделить нужный атом в окошке и нажать &quot;Удалить&quot;.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Создать файл типов атомов.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Перейти во вкладку &quot;Создать траекторию&quot;. Указать рабочую директорию.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Указать исходный траекторный файл.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Выбрать тип траектории из выпадающего списка, указать число шагов траектории.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Указать созданный ранее файл типов атомов.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Указать маску генерируемых файлов.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">При необходимости указать максимальное число различных типов атомов и файл лога.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Запустить приложение.</li></ol></body></html>
Reference in New Issue View Git Blame Copy Permalink