envir

Программа для генерации PDB файла указанной молекулы с окружением указанного радиуса.

Использование
mm_envir -i ФАЙЛ -c X,Y,Z -o ФАЙЛ [ -n ЧИСЛО ] [ -r ЧИСЛО ] [ -l ФАЙЛ ] [ -q ] [ -h ]
Параметры
-i ФАЙЛ – исходный файл с координатами
-c X,Y,Z – размер элементарной ячейки, А
-o ФАЙЛ – генерируемый PDB файл с координатами
-n ЧИСЛО – номер молекулы для поиска окружения. По умолчанию 1
-r ЧИСЛО – радиус окружения, А. По умолчанию 6.0
-l ФАЙЛ – запись лога в указанный файл
-q – не выводить сообщения в STDOUT
-h – показать эту справку и выйти

Форматы файлов

Файл траектории (*.pdb)

http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html

Работа приложения

1. Чтение заголовков исходных файлов, установка начальных переменных.
2. Чтение исходного файла.
3. Поиск окружения.
4. Печать окружения в файл.

Работа с графическим интерфейсом

1. Перейти во вкладку "Окружение". Указать рабочую директорию.
2. Указать исходный файл.
3. Указать размер ячейки в А.
4. Указать генерируемый PDB файл.
5. Указать молекулу для поиска окружения и радиус окружения в А.
6. При необходимости указать файл лога.
7. Запустить приложение.