statgen

Программа для анализа снимков молекулярно-динамических траекторий – выделяет молекулы в агломераты согласно указанному геометрическому критерию.

Использование
mm_statgen -i МАСКА -s ЧИСЛО,ЧИСЛО -c X,Y,Z -a ФОРМАТ -r ФОРМАТ -o ФАЙЛ [ -g ЧИСЛО ] [ -l ФАЙЛ ] [ -q ] [ -h ]
Параметры
-i МАСКА – маска снимков траектории
-s ЧИСЛО,ЧИСЛО – первый и последний шаги траектории
-c X,Y,Z – размер элементарной ячейки, А
-a ФОРМАТ – численные типы атомов. Максимальное число различных атомов 4. Типы атомов перечисляются через запятую
-r ФОРМАТ – критерии, А. Этот флаг может быть указан несколько раз. Различные взаимодействия перечисляются через запятую. Указывается тип взаимодействия, двоеточие, критерий. Например, "0-0:2.4,0-1:3.0" означает указание 0-0 взаимодействия <2.4 А и 0-1 <3.0 А.
-o ФАЙЛ – генерируемый файл
-g NUMBER – проверять изоморфизм графов. ЧИСЛО – максимальная глубина для проверки числа циклов (>= 3)
-l ФАЙЛ – запись лога в указанный файл
-q – не выводить сообщения в STDOUT
-h – показать эту справку и выйти

Форматы файлов

Генерируемый файл (*.dat)

• В заголовке указывается название программы и ее версия, например "statgen ::: V.1.1.0". Пустая строка.
• Блок конфигурации "CONFIGURATION … END". Печать лога (LOG=1), не выводить сообщения в STDOUT (QUIET=1), маска файлов (MASK=mask), первый (FIRST=1) и последний (LAST=1) шаги траектории, размер ячейки (CELL=1.0000,2.0000,3.0000), типы атомов (ATOMS=1,2,3,4), взаимодействия (INTERACTION=формат), максимальная глубина для проверки числа циклов (DEPTH=0, 0 – не проверять изоморфизм). Пустая строка.
• Перечисление статистики по файлам.
  Имя файла (FILE=mask.001), блок статистики по файлу "STATISTIC … -----------------". После указания блока следует разметка таблицы (2 строки). Формат таблицы
  0000001 0000001
  Пробел, размер агломерата (7 символов), пробел, число агломератов данной стехиометрии в файле (7 символов).
  Перечисление агломератов, найденных в данном файле. Заголовок агломерата (AGL=2=1.3.4.) (1 – число молекул в агломерате, 1.3.4. – класс агломерата, если указана проверка изоморфизма). Перечисление молекул в агломерате (0000001=2,3,4,5,) (1 – номер молекулы (7 символов), знак равенства, перечисление связанных молекул через запятую).
• Общая статистика ".SUMMARY STATISTIC … ------------------------------------------------"..После указания блока следует разметка таблицы (2 строки). Формат таблицы
  0000001 0000002 000003.00 004.00000 0005.00000
  Пробел, размер агломерата (7 символов), пробел, общее число агломератов данной стехиометрии (7 символов), пробел, средняя концентрация агломератов данной стехиометрии (9 символов, 2 десятичной части), пробел, вероятность нахождения молекулы в агломерате данной стехиометрии (9 символов, 5 десятичной части), пробел, вероятность нахождения молекулы в агломерате данной стехиометрии, умноженная на число молекул в агломерате (10 символов, 5 десятичной части).
• Общая статистика агломератов по классам (если указана проверка изоморфизма). Доля линейных (LINEAR=0.10000) и циклических (CYCLE=0.10000) агломератов, пропуск строки, доля неразветвленных (NOT BRANCHED=0.10000) и разветвленных (BRANCHED=0.10000) агломератов, пропуск строки, доля найденных циклов указанного размера (CYCLE_03=0.10000).

Работа приложения

1. Чтение заголовков исходных файлов, установка начальных переменных.
2. Пошаговое чтение исходных файлов, установка переменных.
   Поиск взаимодействий, удовлетворяющих указанным критериям.
   Анализ всех связей и указание связи двух молекул, если удовлетворяется условия хотя бы одного из указанных критериев.
   Добавление молекул в агломераты согласно полученной матрице связанности.
   Печать агломератов в файл, дополнение общей статистики.
3. Печать общей статистики в файл.

Работа с графическим интерфейсом

1. Перейти во вкладку "Агломерация". Указать рабочую директорию.
2. Указать маску траекторных файлов.
3. Указать первый и последний шаги траектории.
4. Указать размер ячейки в А.
5. Указать искомые атомы.
6. Указать взаимодействия. Из выпадающего списка выбрать тип взаимодействия, изменить при его критерий (А) и нажать "Сохранить". После завершения редактирования нажать "Добавить" – после этого взаимодействие появится в специальном окошке.. Для удаления взаимодействия необходимо выделить нужное взаимодействие в окошке и нажать "Удалить".
7. Указать генерируемый файл.
8. При необходимости указать максимальную глубину для проверки числа циклов в агломератах, файл лога и генерацию графика.
9. Для вариации геометрических критериев необходимо указать шаг изменения критериев и число шагов.
10. Запустить приложение.