trj2pdb

Программа для генерации PDB файла из исходных траекторных файлов.

Использование
mm_trj2pdb -i ФАЙЛ -o ФАЙЛ [ -l ФАЙЛ ] [ -q ] [ -h ]
Параметры
-i ФАЙЛ – исходный файл с координатами
-o ФАЙЛ – генерируемый PDB файл с координатами
-l ФАЙЛ – запись лога в указанный файл
-q – не выводить сообщения в STDOUT
-h – показать эту справку и выйти

Форматы файлов

Файл траектории (*.pdb)

http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html

Работа приложения

1. Чтение заголовков исходных файлов, установка начальных переменных.
2. Чтение исходного файла.
3. Печать в файл.

Работа с графическим интерфейсом

1. Перейти во вкладку "Создать PDB". Из выпадающего списка выбрать "Из снимка траектории".
2. Указать рабочую директорию.
3. Указать файл траектории.
4. Указать генерируемый PDB файл.
5. При необходимости указать файл лога.
6. Запустить приложение.