trj

Программа для генерации специальных траекторных файлов из указанных исходных.

Использование
mm_trj -i ФАЙЛ -t ТИП -s ЧИСЛО -a ФАЙЛ -o МАСКА [ -tt ЧИСЛО ] [ -l ФАЙЛ ] [ -q ] [ -h ]
Параметры
-i ФАЙЛ – исходный траекторный файл
-t ТИП – тип траектории. Поддерживаемые форматы: gmx, puma
-s ЧИСЛО – число шагов траектории
-a ФАЙЛ – файл с указанием типов атомов
-o МАСКА – маска получаемых траекторных файлов
-tt ЧИСЛО – максимальное число различных типов атомов. По умолчанию 1024
-l ФАЙЛ – запись лога в указанный файл
-q – не выводить сообщения в STDOUT
-h – показать эту справку и выйти

Форматы файлов

Файлы траектории (*.[0-9])

• В заголовке указывается число атомов (7 символов).
• Снимок траектории (перечисление всех атомов). Формат
  00001 СА 1234.000000 1234.000000 1234.000000 01 0001
  Порядковый номер атома (5 символов), пробел, символьный тип атома (2 символа), 2 пробела, координата X (11 символов, 6 десятичной части), координата Y (11 символов, 6 десятичной части), координата Z (11 символов, 6 десятичной части), 4 пробела, численный тип атома (2 символа), пробел, номер молекулы (4 символа).

Файл с указанием типов атомов (*.types)

• В заголовке указывается число молекул (NUMTYPES=1).
• Блок перечисления молекул. Переменные число молекул (NUMMOL=1), число атомов (NUMAT=1).
  Блок перечисления атомов в молекуле. Формат
  CA=1
  Символьный тип атома (2 символа), символ равенства, численный тип атома.

Работа приложения

1. Чтение заголовков исходных файлов, установка начальных переменных.
2. Пошаговое чтение исходных файлов и вывод шагов в указанные файлы.

Работа с графическим интерфейсом

1. Выбрать Меню -> Создание файлов -> Файл типов атомов.
2. Указать генерируемый файл.
3. Заполнить типы атомов. Для добавления новой молекулы выбрать из выпадающего списка "Добавить новую молекулу". Для изменения числа молекул изменить соответствующее числовое значение. Для добавления нового атома необходимо ввести 2 символа в специальное поле, указать численный тип атома и нажать "Добавить" – после этого атом появится в специальном окошке. Для удаления атома необходимо выделить нужный атом в окошке и нажать "Удалить".
4. Создать файл типов атомов.
5. Перейти во вкладку "Создать траекторию". Указать рабочую директорию.
6. Указать исходный траекторный файл.
7. Выбрать тип траектории из выпадающего списка, указать число шагов траектории.
8. Указать созданный ранее файл типов атомов.
9. Указать маску генерируемых файлов.
10. При необходимости указать максимальное число различных типов атомов и файл лога.
11. Запустить приложение.