agl
Программа для генерации PDB файлов с агломератами.
Использование
mm_agl -a ФАЙЛ -i ФАЙЛ -c X,Y,Z -o ФАЙЛ [ -l ФАЙЛ ] [ -q ] [ -h ]
Параметры
-a ФАЙЛ – исходный файл с агломератом
-i ФАЙЛ – исходный файл с координатами
-c X,Y,Z – размер элементарной ячейки, А
-o ФАЙЛ – генерируемый PDB файл с координатами
-l ФАЙЛ – запись лога в указанный файл
-q – не выводить сообщения в STDOUT
-h – показать эту справку и выйти
Форматы файлов
Файл с агломератом (*.agl)
- Заголовок агломерата (AGL=2=1.3.4.) (1 – число молекул в агломерате, 1.3.4. – класс агломерата, если указана проверка изоморфизма).
- Перечисление молекул в агломерате (0000001=2,3,4,5,) (1 – номер молекулы (7 символов), знак равенства, перечисление связанных молекул через запятую).
Файл траектории (*.pdb)
http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html
Работа приложения
- Чтение заголовков исходных файлов, установка начальных переменных.
- Чтение исходных файлов.
- Поиск оптимальной конфигурации.
- Печать результата в файл.
Работа с графическим интерфейсом
- Меню -> Создание файлов -> Файл с агломератом.
- Указать файл, сгенерированный приложением statgen. Нажать "Выбор".
- Выбрать траекторный снимок в выпадающем списке. Выбрать агломерат.
- Указать выходной файл. Создать файл с агломератом.
- 5. Перейти во вкладку "Создать PDB". Из выпадающего списка выбрать "Из агломерата".
- Указать рабочую директорию.
- Указать файл траектории.
- Указать сгенерированный файл с агломератом.
- Указать размер ячейки в А.
- Указать генерируемый PDB файл.
- При необходимости указать файл лога.
- Запустить приложение.