agl


Программа для генерации PDB файлов с агломератами.


Использование
mm_agl -a ФАЙЛ -i ФАЙЛ -c X,Y,Z -o ФАЙЛ [ -l ФАЙЛ ] [ -q ] [ -h ]
Параметры
-a ФАЙЛ – исходный файл с агломератом
-i ФАЙЛ – исходный файл с координатами
-c X,Y,Z – размер элементарной ячейки, А
-o ФАЙЛ – генерируемый PDB файл с координатами
-l ФАЙЛ – запись лога в указанный файл
-q – не выводить сообщения в STDOUT
-h – показать эту справку и выйти


Форматы файлов

Файл с агломератом (*.agl)

Файл траектории (*.pdb)

http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html


Работа приложения

  1. Чтение заголовков исходных файлов, установка начальных переменных.
  2. Чтение исходных файлов.
  3. Поиск оптимальной конфигурации.
  4. Печать результата в файл.


Работа с графическим интерфейсом

  1. Меню -> Создание файлов -> Файл с агломератом.
  2. Указать файл, сгенерированный приложением statgen. Нажать "Выбор".
  3. Выбрать траекторный снимок в выпадающем списке. Выбрать агломерат.
  4. Указать выходной файл. Создать файл с агломератом.
  5. 5. Перейти во вкладку "Создать PDB". Из выпадающего списка выбрать "Из агломерата".
  6. Указать рабочую директорию.
  7. Указать файл траектории.
  8. Указать сгенерированный файл с агломератом.
  9. Указать размер ячейки в А.
  10. Указать генерируемый PDB файл.
  11. При необходимости указать файл лога.
  12. Запустить приложение.