arcanis/moldyn
1
0
Fork 0
mirror of https://github.com/arcan1s/moldyn.git synced 2025-07-14 14:25:53 +00:00
Code Issues Projects Releases Wiki Activity

Release 1.1.0

Browse Source 
+ added help window
+ added help docs
+ small bug fixes
This commit is contained in:
arcan1s
2013-09-03 06:01:23 +04:00
parent d7f7a9c2b5
commit 6b0a2a47db
48 changed files with 2639 additions and 578 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

29
mathmech/docs/rus/help_statgen.html Normal file
View File

@ -0,0 +1,29 @@
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd">
<html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css">
p, li { white-space: pre-wrap; }
</style></head><body style=" font-family:'Liberation Serif'; font-size:10pt; font-weight:400; font-style:normal;">
<p align="center" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><span style=" font-weight:600;">statgen</span></p>
<p align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><br />Программа для анализа снимков молекулярно-динамических траекторий – выделяет молекулы в агломераты согласно указанному геометрическому критерию.</p>
<p align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><br /> <span style=" text-decoration: underline;">Использование</span><br />mm_statgen -i МАСКА -s ЧИСЛО,ЧИСЛО -c X,Y,Z -a ФОРМАТ -r ФОРМАТ -o ФАЙЛ [ -g ЧИСЛО ] [ -l ФАЙЛ ] [ -q ] [ -h ]<br /> <span style=" text-decoration: underline;">Параметры</span><br />-i МАСКА – маска снимков траектории<br />-s ЧИСЛО,ЧИСЛО – первый и последний шаги траектории<br />-c X,Y,Z – размер элементарной ячейки, А<br />-a ФОРМАТ – численные типы атомов. Максимальное число различных атомов 4. Типы атомов перечисляются через запятую<br />-r ФОРМАТ – критерии, А. Этот флаг может быть указан несколько раз. Различные взаимодействия перечисляются через запятую. Указывается тип взаимодействия, двоеточие, критерий. Например, &quot;0-0:2.4,0-1:3.0&quot; означает указание 0-0 взаимодействия &lt;2.4 А и 0-1 &lt;3.0 А.<br />-o ФАЙЛ – генерируемый файл<br />-g NUMBER – проверять изоморфизм графов. ЧИСЛО – максимальная глубина для проверки числа циклов (&gt;= 3)<br />-l ФАЙЛ – запись лога в указанный файл<br />-q – не выводить сообщения в STDOUT<br />-h – показать эту справку и выйти</p>
<p align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><br /> <span style=" text-decoration: underline;">Форматы файлов</span></p>
<p align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"> <span style=" font-style:italic;">Генерируемый файл (*.dat)</span></p>
<ul style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; -qt-list-indent: 1;"><li align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">В заголовке указывается название программы и ее версия, например &quot;statgen ::: V.1.1.0&quot;. Пустая строка.</li>
<li style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Блок конфигурации &quot;CONFIGURATION … END&quot;. Печать лога (LOG=1), не выводить сообщения в STDOUT (QUIET=1), маска файлов (MASK=mask), первый (FIRST=1) и последний (LAST=1) шаги траектории, размер ячейки (CELL=1.0000,2.0000,3.0000), типы атомов (ATOMS=1,2,3,4), взаимодействия (INTERACTION=формат), максимальная глубина для проверки числа циклов (DEPTH=0, 0 – не проверять изоморфизм). Пустая строка.</li>
<li style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Перечисление статистики по файлам.<br />Имя файла (FILE=mask.001), блок статистики по файлу &quot;STATISTIC … -----------------&quot;. После указания блока следует разметка таблицы (2 строки). Формат таблицы<br /> 0000001 0000001 <br />Пробел, размер агломерата (7 символов), пробел, число агломератов данной стехиометрии в файле (7 символов).<br />Перечисление агломератов, найденных в данном файле. Заголовок агломерата (AGL=2=1.3.4.) (1 – число молекул в агломерате, 1.3.4. – класс агломерата, если указана проверка изоморфизма). Перечисление молекул в агломерате (0000001=2,3,4,5,) (1 – номер молекулы (7 символов), знак равенства, перечисление связанных молекул через запятую).</li>
<li style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Общая статистика &quot;.SUMMARY STATISTIC … ------------------------------------------------&quot;..После указания блока следует разметка таблицы (2 строки). Формат таблицы<br /> 0000001 0000002 000003.00 004.00000 0005.00000<br />Пробел, размер агломерата (7 символов), пробел, общее число агломератов данной стехиометрии (7 символов), пробел, средняя концентрация агломератов данной стехиометрии (9 символов, 2 десятичной части), пробел, вероятность нахождения молекулы в агломерате данной стехиометрии (9 символов, 5 десятичной части), пробел, вероятность нахождения молекулы в агломерате данной стехиометрии, умноженная на число молекул в агломерате (10 символов, 5 десятичной части).</li>
<li style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Общая статистика агломератов по классам (если указана проверка изоморфизма). Доля линейных (LINEAR=0.10000) и циклических (CYCLE=0.10000) агломератов, пропуск строки, доля неразветвленных (NOT BRANCHED=0.10000) и разветвленных (BRANCHED=0.10000) агломератов, пропуск строки, доля найденных циклов указанного размера (CYCLE_03=0.10000).</li></ul>
<p align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><br /> <span style=" text-decoration: underline;">Работа приложения</span></p>
<ol style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; -qt-list-indent: 1;"><li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Чтение заголовков исходных файлов, установка начальных переменных.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Пошаговое чтение исходных файлов, установка переменных.<br />Поиск взаимодействий, удовлетворяющих указанным критериям.<br />Анализ всех связей и указание связи двух молекул, если удовлетворяется условия хотя бы одного из указанных критериев.<br />Добавление молекул в агломераты согласно полученной матрице связанности.<br />Печать агломератов в файл, дополнение общей статистики.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Печать общей статистики в файл.</li></ol>
<p align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><br /> <span style=" text-decoration: underline;">Работа с графическим интерфейсом</span></p>
<ol style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; -qt-list-indent: 1;"><li align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Перейти во вкладку &quot;Агломерация&quot;. Указать рабочую директорию.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Указать маску траекторных файлов.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Указать первый и последний шаги траектории.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Указать размер ячейки в А.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Указать искомые атомы.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Указать взаимодействия. Из выпадающего списка выбрать тип взаимодействия, изменить при его критерий (А) и нажать &quot;Сохранить&quot;. После завершения редактирования нажать &quot;Добавить&quot; – после этого взаимодействие появится в специальном окошке.. Для удаления взаимодействия необходимо выделить нужное взаимодействие в окошке и нажать &quot;Удалить&quot;.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Указать генерируемый файл.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">При необходимости указать максимальную глубину для проверки числа циклов в агломератах, файл лога и генерацию графика.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Для вариации геометрических критериев необходимо указать шаг изменения критериев и число шагов.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Запустить приложение.</li></ol></body></html>