arcanis/moldyn
1
0
Fork 0
mirror of https://github.com/arcan1s/moldyn.git synced 2025-07-15 06:45:50 +00:00
Code Issues Projects Releases Wiki Activity

Release 1.1.0

Browse Source 
+ added help window
+ added help docs
+ small bug fixes
This commit is contained in:
arcan1s
2013-09-03 06:01:23 +04:00
parent d7f7a9c2b5
commit 6b0a2a47db
48 changed files with 2639 additions and 578 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

23
mathmech/docs/rus/help_envir.html Normal file
View File

@ -0,0 +1,23 @@
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd">
<html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css">
p, li { white-space: pre-wrap; }
</style></head><body style=" font-family:'Liberation Serif'; font-size:10pt; font-weight:400; font-style:normal;">
<p align="center" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><span style=" font-weight:600;">envir</span></p>
<p align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><br />Программа для генерации PDB файла указанной молекулы с окружением указанного радиуса.</p>
<p align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><br /> <span style=" text-decoration: underline;">Использование</span><br />mm_envir -i ФАЙЛ -c X,Y,Z -o ФАЙЛ [ -n ЧИСЛО ] [ -r ЧИСЛО ] [ -l ФАЙЛ ] [ -q ] [ -h ]<br /> <span style=" text-decoration: underline;">Параметры</span><br />-i ФАЙЛ – исходный файл с координатами<br />-c X,Y,Z – размер элементарной ячейки, А<br />-o ФАЙЛ – генерируемый PDB файл с координатами<br />-n ЧИСЛО – номер молекулы для поиска окружения. По умолчанию 1<br />-r ЧИСЛО – радиус окружения, А. По умолчанию 6.0<br />-l ФАЙЛ – запись лога в указанный файл<br />-q – не выводить сообщения в STDOUT<br />-h – показать эту справку и выйти</p>
<p align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><br /> <span style=" text-decoration: underline;">Форматы файлов</span></p>
<p align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"> <span style=" font-style:italic;">Файл траектории (*.pdb)</span></p>
<p align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><a href="http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html"><span style=" text-decoration: underline; color:#0000ff;">http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html</span></a></p>
<p align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><br /> <span style=" text-decoration: underline;">Работа приложения</span></p>
<ol style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; -qt-list-indent: 1;"><li align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Чтение заголовков исходных файлов, установка начальных переменных.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Чтение исходного файла.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Поиск окружения.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Печать окружения в файл.</li></ol>
<p align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><br /> <span style=" text-decoration: underline;">Работа с графическим интерфейсом</span></p>
<ol style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; -qt-list-indent: 1;"><li align="justify" style=" margin-top:12px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Перейти во вкладку &quot;Окружение&quot;. Указать рабочую директорию.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Указать исходный файл.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Указать размер ячейки в А.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Указать генерируемый PDB файл.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Указать молекулу для поиска окружения и радиус окружения в А.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">При необходимости указать файл лога.</li>
<li align="justify" style=" margin-top:0px; margin-bottom:12px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;">Запустить приложение.</li></ol></body></html>