agl

Программа для генерации PDB файлов с агломератами.

Использование
mm_agl -a ФАЙЛ -i ФАЙЛ -c X,Y,Z -o ФАЙЛ [ -l ФАЙЛ ] [ -q ] [ -h ]
Параметры
-a ФАЙЛ – исходный файл с агломератом
-i ФАЙЛ – исходный файл с координатами
-c X,Y,Z – размер элементарной ячейки, А
-o ФАЙЛ – генерируемый PDB файл с координатами
-l ФАЙЛ – запись лога в указанный файл
-q – не выводить сообщения в STDOUT
-h – показать эту справку и выйти

Форматы файлов

Файл с агломератом (*.agl)

- Заголовок агломерата (AGL=2=1.3.4.) (1 – число молекул в агломерате, 1.3.4. – класс агломерата, если указана проверка изоморфизма).
- Перечисление молекул в агломерате (0000001=2,3,4,5,) (1 – номер молекулы (7 символов), знак равенства, перечисление связанных молекул через запятую).

Файл траектории (*.pdb)

http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html

Работа приложения

1. Чтение заголовков исходных файлов, установка начальных переменных.
2. Чтение исходных файлов.
3. Поиск оптимальной конфигурации.
4. Печать результата в файл.

Работа с графическим интерфейсом

1. Меню -> Создание файлов -> Файл с агломератом.
2. Указать файл, сгенерированный приложением statgen. Нажать "Выбор".
3. Выбрать траекторный снимок в выпадающем списке. Выбрать агломерат.
4. Указать выходной файл. Создать файл с агломератом.
5. 5. Перейти во вкладку "Создать PDB". Из выпадающего списка выбрать "Из агломерата".
6. Указать рабочую директорию.
7. Указать файл траектории.
8. Указать сгенерированный файл с агломератом.
9. Указать размер ячейки в А.
10. Указать генерируемый PDB файл.
11. При необходимости указать файл лога.
12. Запустить приложение.